PCR实验室建设遵从单一流向原则，划分为试剂准备区、样本处理区、PCR扩增区和产物分析区（对于全自动设备和荧光定量PCR，可以将PCR扩增区和产物分析区合并）。每个操作间设立对应的缓冲间，场地允许的话设立单独的PCR走廊，防止各个操作间交叉污染，PCR实验室和外部交叉污染。

实验室气流、物流、人流控制：

PCR四个操作间均由中央空调换气，每个操作间设立独立的换气口。试剂准备区和样本处理区维持微正压，防止外部气溶胶等污染源污染试剂和样本：PCR扩增区和产物分析区维持微负压，防止操作间的PCR产物污染外部环境。缓冲间维持正压，防止PCR操作间内空气流入外部区域，防止外部区域空气流入PCR操作间内。

试剂和样本遵循单一流向原则通过传递窗口流动，实验员应该遵循实验操作流程：准备试剂——提取样本——PCR扩增——分析结果。每个缓冲间内配备不同颜色的实验服。

实验室建设材质：

    实验室主体均采用彩钢板和铝合金材质，地面采用PVC卷材。墙体结构牢固，气密性好，内壁光洁、不吸附、耐腐蚀、易清洗消毒；地面材料应满足无缝隙、无渗漏、光洁、耐腐蚀的要求。室内所有阴角和阳角均采用铝合金50内圆角铝。

实验室杀菌消毒设施：

    每个PCR操作间和缓冲间配置紫外灯，PCR操作间还应配置可移动消毒设备